Сначала начал по очереди каждый extension вводить в строй — не помогло, выпадала ошибка.

Потом поменял код с "extension=php_bz2.dll"   на "extension=C:ServerbinPHPextphp_bz2.dll" — прописал конкретный адрес, где лежит этот файл, помогло, но только для первого файла, все остальные все таки пришлось закомментить.

Пока сервер работает, но проблема так и не решена

Поддерживаю!
P.S. Я думал проект уже закрыли.

Для задания нового пароля MySQL в командной строке:

c:Serverbinmysql-5.6binmysql -u root mysql
mysql> update user set Password=PASSWORD('новый пароль') WHERE User='root';
mysql> exit
net stop mysql
net start mysql

Этот скрипт можно применять только если у вас уже установлен сервер MiAl, а на сайте появилась новая версия. Вы скачиваете новую версию и уже в ней запускаете этот скрипт.

Этот скрипт из скаченной (новой) версии копирует новые файлы в каталог, где установлен сервер.

Т.е. когда сервер установлен, то запускать скрипт из каталога сервера бессмысленно. Точнее говоря, он только испортит сервер.

Если у вас так и получилось (сервер на работает), то заново скачайте архив и установите его по инструкции.

Думаю, чтобы не было случайной порчи сервера из-за запуска скрипта, в следующих версиях я не буду добавлять в сборку скрипт для обновлений. Либо он будет автоматически удаляться после установки сервера.