Т.е, если я все правильно понял делаем так,в документе создаем реквизит типа строка неограниченой длины, потом загоняем нашу таблицу значений в строку с помощью ф-ции ЗначениеВСтроку() и спокойно сохраняем наш документ. После открываем например справочник, используем ф-цию Док.Выбрать(""), выбираем наш документ, затем обращаемся к нашей строке(с выгруженными туда данными из таблицы значений) и вызываем ф-цию ЗначениеИзСтроки(), дабы сформировать новую таблицу. И в конце выбираем нужную информацию и загоняем в справочник. Все.
Если здесь что-то неправильно, сильно не ругайте, если можно киньте лучше код с похожей ситуацией, а я дальше сам.