Проверьте сразу настройки агента (условия запуска - на каких документах) и код агента на наличие неиспользуемых библиотек, использования функций, не применимых в COM.
На windows путь к лотусу получают из реестра. Ручками программу или каталог data не переносили?
Проблема в определении пути может быть только при наличии нескольких версий (или копий одной версии) Lotus Notes на одном компьютере.
Возможно, доступность пути к программе лотус при поиске программ, т.е. настройка переменных окружения path, classpath (для java). Т.е. не определен путь к какой-то нужной библиотеке лотуса?
Попробовать проверить c базой не на локальном сервере. Сталкивалась с какой-то глупой ошибкой при запуске агента (LN6.5x) из VB на локальном сервере - ругалось на то, чот недоступны какие-то ресурсы, на сервере работало замечательно. Но лотус и при этом не валился, просто нужный агент не запускался.