хотя мне не очень понятна задача, но я вижу ее решение несколько иначе.
В веб форму передается лишь файл, содержащий "стек из nsd", либо это может быть поле, куда вносится содержимое в текстовом виде.
Загружается на сервер. На сервере агент, который имеет доступ к операциям высшего уровня, выкладывает файл во временную директорию, запускает с необходимыми параметрами некий бинарник, который формирует результат, как я понимаю, в другом файле. Этот другой файл мы возвращаем в броузер в виде вложения, либо в виде текста в поле.
А что за бинарник-то?
Добавлено: К стати, для реализации написанного, необходима форма с аплоадом и агент на WebQuerySave, код которого у тебя уже должен быть в почти нужном виде.