Я сервисные обработки оформляю таким образом:
1. Создаю пользователя "Сервис"
2. ПриНачалеРаботыСистемы() делаю проверку, если имя пользователя "Сервис", то запускаю нужные обработки
3. В стандартном Windows Sheduler создаю таск на запуск 1С с параметром, в который передаю пользователя "Сервис" и его пароль.