Проверил локально свои прошлые изыскания — дата/время изменения БД не меняются при удалении фт-индекса, при создании фт-индекса БД обновляется. Также заметил, что при создании фт-индекса в окне свойств отображаются параметры ранее удалённого индекса.
Провёл также следующий эксперимент — для проиндексированной БД переименовал папку <имя БД>.ft, в результате в окне свойств увидел, что база не индексирована. Вернул папке исходное имя — в свойствах база опять стала проиндексированной.
Из вышесказанного можно сделать вывод, что параметры индексации хранятся в БД, но также проверяется наличие папки <имя БД>.ft. Допускаю, что в одном из файлов вышеупомянутой папки также содержится информация о параметрах индексации (например, ftginfo.dat достойный кандидат). Можно, конечно, попробовать создавать индексы с различными параметрами и методом сравнения пытаться найти, куда записывается информация, но я бы не заморачивался — нет гарантии что будет работать с новыми версиями.
Добавлено
Похоже, моя гипотеза насчёт файла ftginfo.dat верна — поэкспериментируйте с различными параметрами индекса, обращая внимание на число после NotesRegOptions.