Да уж...... сказанул.....
А в принципе все просто... для тех кто не боится убить на это уйму времени:
1) чистишь базу в магазине;
2) переносишь всю базу организации в магазин (если ломает писать обработку по переносу документов и прочей лабуды, относящейся именно к этому магазину);
3) последовательно чистишь (уже в магазине) базу на предмет удаления, не относящихся к нему, документов, данных в регистрах и т.п.
Но мне кажется лучшим вариантом будет все же написать обработку по переносу данных конкретного магазина. Тем более, что ты говоришь про сеть магазинов (где гарантия, что подобная ситуация не повторится в будущем !?) А так у тебя будет готовая обработка ..... и премиальные от начальства за быстроту обновления баз. :angry: