Итак, документооборот включает в себя несколько баз. В этом случае возникает вопрос как скрипт одной базы узнает, где находятся другие базы.
Возможны следующие варианты:
1) имя файла другой базы забито жестко в коде, файл ищется в той же папке (это проверить очень легко, если после переноса всех баз в другую папку все продолжает работать, то это ваш случай)
2) путь файла другой базы забито жестко в коде (самый маловероятный вариант, но самый гадкий)
3) где-то есть настроечные документы, из которых берется этот путь (включите себе все роли и посмотрите содержимое все представлений)
Какой вариант в вашем случае?
Я не знаю точно, что такое Mail.XML, но видимо есть mail-in база данных, в которой происходит обработка сообщений посылаемых через почту. Опять же возникает вопрос как она узнает, где остальные базы документооборота.