Можно, причем разными способами. Например, если надо, чтобы всем менеджерам были доступны какие-то определенные склады, то достаточно для элемента справочника добавить реквизит "Доступен для менеджера" и поместить его на форму как флажок. В документе, который оформляет менеджер, в предопределенной процедуре ПриНачалеВыбораЗначения() написать примерно следующее.
Процедура ПриНачалеВыбораЗначения(Идент,ФлагСтанд)
Если Идент="Склад" Тогда
Если НазваниеНабораПрав()="Менеджер" Тогда
ФлагСтанд=0;
СписокДоступныхСкладов=СоздатьОбъект("СписокЗначений");
СпрСклады=СоздатьОбъект("Справочник.Склады");
СпрСклады.ВыбратьЭлементы();
Пока СпрСклады.ПолучитьЭлемент()=1 Цикл
Если СпрСклады.ДоступенДляМенеджера=0 Тогда
Продолжить;
КонецЕсли;
СписокДоступныхСкладов.ДобавитьЗначение(СпрСклады.ТекущийЭлемент());
КонецЦикла;
ВыбЗнач=""; ВыбПоз=0;
Если СписокДоступныхСкладов.ВыбратьЗначение("ВыбЗнач,,ВыбПоз,20,2)=1 Тогда
Склад=ВыбЗнач;
КонецЕсли;
КонецЕсли;
КонецЕсли;
КонецПроцедуры
Список доступных складов можно определить и при открытии документа. А если менеджеры уж очень много документов оформляют, можно СписокДоступныхСкладов объявить глобальной переменной и формировать этот список для каждого менеджера в процедуре глобального модуля ПриНачалеРаботыСистемы()