Через "агент-пускатель", вестимо. Создается настроечный документ: такой-то агент пускать с такой-то периодичностью. Создается агент-"пускатель", работающий по расписанию каждые 5/10/15/вписать-свое-значение минут. Этот агент смотрит настроечные документы. Если пришло время запускать какой-нибудь из них, он запускается. Как-то так.