Если всё происходит на одном сервере, то круг сужается. По всей видимости у вас обращение к почте из разных клиентов (толстый клиент, веб и Travele) идет под разными именами пользователя. Соответственно, отметки о прочтении попадают в таблицу о прочтении под разными записями.
Надо обратить внимание на первую запись в Person-документе в поле UserName. Он должен совпадать с именем (вплоть до регистра букв), которое закреплено в id-файле для клиента Lotus.
Если для веб и traveler используется не стандартная авторизация от domino для http, а что-нибудь типа ldap - смотрите, что за имя, в каком формате и регистре оно используется и совпадает ли с записью Username в Person.
Для расширенного логирования веб-сервис Domino, чтобы понять, под каким именем проходит авторизация можно включить временно следующий параметр в domino-консоли: set config webauth_verbose_trace=1