Не совсем понял задачи.Что-то хотите запустить на Java ?
Алгоритмы там могут быть такими ;
Код:
# node название_файла.js
# ./название_файла.js
В директорию зайти нужно (если не под рутом) через sudo
В ином случае,причина может быть в отсутствии соответствующих зависимых пакетов.