Вероятно, речь о ссылке в лотусовом формате, а не о гиперссылке. Логично, что лотусовые ссылки будут работать только в лотусовой среде. У вас скорее всего маршрутизация почты с главного сервера на дочерний проходит по SMTP, лотусовые ссылки просто убиваются при передаче по SMTP. Убедиться в этом можете просто переслав письмо с рабочей ссылкой куда-нибудь наружу - на yandex.ru, gmail.com - результат наверное будет тем же.
Если и главный сервер, и дочерний сервер - лотусовые, необходимо, чтобы внутренняя почта шла между ними по NRPC,а не по SMTP - в конфиге серверов надо будет отключить режим "SMTP allowed within the local internet domain". Тогда письмо на дочерний сервер будет приходить в первозданном лотусовом виде.