Я так понимаю:
Если я покупаю чей-то код, то я одновременно получаю право делать с ним что мне захочется. Естественно в рамках моего проекта. То есть - я могу его модифицировать как хочу, но не могу его продавать, или должен это обсудить с тем кто мне его продал.
Вот сейчас моя контора в затруднении - одной известной конторой Web-дизайна был разработан наш сайт.
Поскольку тех-задание составляли люди мало что в этом понимающие и работу принимали они-же - сайт вышел красивым и более менее удобным. Чего нельзя сказать о системе управления контентом - огромное количество недоработок, баги и странные глюки. Работать можно, но сложно. Исправлять нереально - закрытый код. Добавлять функционал - тоже.
Результат - переписываем сайт на php+MySQL+JavaScript, сохраняя дизайн и дорабатывая функциональность, только без глюков-багов.
Причем необходимость доработать код может возникнуть не только для исправления ошибок. Например нужен еще один раздел сайта-базы данных, а возможности (или желания) обращаться к разработчику нет.
В общем мое мнение - шифрование кода, тем более кода для Web, совершенно никчему.