Начало здесь: "Обзор разделов инструментов Kali Linux 1.1.0. Часть 1. Краткая характеристика всех разделов".
Здесь обзор только НЕКОТОРЫХ утилит. На самом деле, программ намного-намного больше. Мы обходим стороной такие вопросы, как использование для сбора информации данных, например, полученных через запросы в Гугл, анализ истории сайта в веб-архивах, анализа доступной информации (объявления о приёме на работу и т. д.), использование базовых утилит для пинга и определение маршрутов. Это всё важно, и это нужно изучать отдельно!