С точки зрения бухучета - никаких проблем. Любой бух вам это расскажет.
С точки зрения регистрации в 1С нового клиента... Был опыт. Всех тонкостей не знаю, но было дело, когда одна фирма закрывалась, а вторая покупала все ее имущество. Переоформление прав на 1С оформляли как-то через франчайзи.