Я запускаю Kali Linux с загрузочной флешки. Что нужно сделать, чтобы все скачанные файлы, вся информация в Kali Linux сохранялась на жестком диске D или C?

 

Как сделать Kali Live USB с сохранением обновлений, файлов и программ

Kali Live USB persistence (Потенциально стойкий) — сохранение данных на USB флешке. Это может быть чрезвычайно полезным дополнением, и позволяет сохранить документы

codeby.net

искать не пробывал информацию?

 

Не ясен вопрос в целом.
Всегда существуют команды cp ; mv и иже с ними...всегда можно написать скрипт.
Проблема в том, что если даже ты что-то и настроишь то это все обновиться все равно (при использовании live cd), в этом оно и удобно, для каждого раза настройки по кейс ставишь