Если Вы при этом не планируете шифрованный обмен по почте с пользователями Notes из других организаций, то можно, как сказал уважаемый Constantin A Chervonenko, изменить дизайн пользовательских почтовых ящиков.
План может быть примерно таким:
1. Создание универсальной лотусовой библиотечки шифрования/расшифрования.
(тут уж сами решайте, будете Вы сами реализовывать на LS какой-либо алгоритм шифрования или воспользуетесь уже имеющейся реализацией)
2. Определение места хранения ключей шифрования (рекомендую - в профильном документе в шифрованном с помощью публичного ключа пользователя поле + продумать хранение резервных копий ключей для админа)
3. Изменение дизайна форм Memo, Reply и Reply with history
(добавление на них сабформы с событием на QuerySend, в которой будет производиться шифрование содержимого поля Body)
4. Написание агента, работающего на триггере Before new mail arrives, для расшифрования входящей корреспонденции.
Пункт 3 здесь - самое узкое и глюковероятное место.
Не судите строго