Есть же ж технология написания под Notes Java-плагинов, как раз под Eclipse. Там даже UI-методы работают. При выходе 8-ки на каком-то из сайтов выкладывали пример (я его позже уже не нашёл) - в почте реализовали с помощью плагина работу правил, - всплывал годный UI, и всё работало. Был ещё один демонстрационный пример, который добавляет в меню клиента и контекстные меню свои пункты, которые демонстрируют возможность получать выделенные документы во вьюхе и т.д.
Но как вызвать всё это добро из Lotus - не знаю. Наверное проблема в том и была, что все написанные плагины работают не в контексте БД, а в контексте Eclipse...