Решение
Почитайте про иноды (inodes). Возможно упирается в них - там 92% занято.Очистка кеша не помогла.
У меня конечно есть предположение, что что-то не то с флешкой, хотя вроде не самая плохая и пользовался буквально недельку (sandisk sdcz73-032g-g46)