Для: MEfistofel
Терминал?
Юзер закрывает терминальную сессию крестиком, она висит себе неактивной, а потом система по таймауту делает ей ресет. Вот и некорректное завершение работы. Настрой терминал, чтобы по таймауту делался LogOff.
Сеть?
Используются ли какие-нибудь внешние компоненты? Некоторые кривые ВК не умеют корректно отрабатывать завершение работы, 1С вылетает с ошибкой.