На мой взгляд, по нескольким причинам. Часто, приходя в фирму, где было франчайзинговое обслуживание, слышу претензии типа "не дозвониться", "приходят не сразу". К тому же, программисты постоянно меняются, и Васе приходится доделывать за Клавой. Да и нет гарантий, что Вася или Клава имеют должную квалификацию (сам знаю по недолгому опыту работы во фр.фирме). Хороший фрилансер же выполняет роль домашнего доктора, помнящего все проблемы своих клиентов. Ну и услуги фриланса, конечно, дешевле.
Вот простой пример : постоянный клиент попросил сделать нетривиальный отчет в старой торговле. Со временем было плохо и возиться лень. Прикинул, сколько это может стоить и зарядил вдвое. Думал, отстанут. Нет, перезвонили на следующий день и предложили ВТРОЕ, пришлось делать. Правда, недооценил слегка поначалу, но выгодно было все равно. А история такова, что попросили Фр.фирму, выехал спец, потом выслали коммерческое предложение, где со всеми делами (оценка, ТЗ, документация, обучение (???)) было заряжено ВШЕСТЕРО. И сделать обещали 3а ДВЕ НЕДЕЛИ ! (работы там на полтора дня).