Я стараюсь не делать больших файлов.
Хотя смотря какие задачи стоят в целом.
Если написать проект, отдать и забыть про него, то можно и монолит. А если приходится в дальнейшем что-то усоврешенствовать, то удобнее иметь все отдельных файлах. Например класс добавления данных в СУБД, класс удаления или например вообще какие-либо подключаемые блоки.
Кстати с файловой системой. Скрипт remview.php написанный Димой Б. из Питера как раз монолит для файловой системы.
Все ИМХО, конечно.