Запустить агент на сервере с документом-параметром, который запустит команду обновления дизайна определённой базы на консоль сервера.
Описание команды convert и примеры см. в админском хэлпе документы "Upgrading mail files with the mail conversion utility" и "Using load convert to convert non-mail databases".
P.S. Напишите что получилось.