Подскажите пожалуйста программу с помощью котой я могу внедрить код в РЕ файл, а именно мне нужно добавить изменения в секцию ресурсов.

 

Да в принципе любой редактор ресурсов который Вам требуется ...

Если надо что-то специфичное то написать самому с использованием АПИшных функций...