Можно поиграться с DACL процесса, запретив юзеру его завершать (на шарпе не знаю примера, это обычный винапи). Самое простое - нулевой DACL ну или конкретно запретить запись и т.д.
Но лучше грузить дллку или инжект или на худой конец маскироваться под какой-то svchost т.к. никак нельзя запретить завершать твой процесс с помощью какого-нибудь ProcessHaker'a. У него драйвер, который обходит все эти "изобретения".